La manera más efectiva de prevenir las infecciones de transmisión sexual es evitar el contacto de las partes del cuerpo o de los líquidos que pueden llevar a una transferencia, no necesariamente actividad sexual con una pareja infectada. Idealmente, ambos miembros de la pareja deben conseguir pruebas para ITS antes de iniciar el contacto sexual, o si una de las parejas estuvo en contacto con algún otro, pero incluso entonces, ciertas ETS, particularmente ciertos virus persistentes como VPH, pueden ser imposibles de detectar con los procedimientos médicos actuales mientras que pueden ser asintomáticos. La prevención es también clave en el manejo de la ETS viral como el VIH y herpes, pues son incurables. Muchas enfermedades que establecen infecciones permanentes pueden ocupar el sistema inmune así, otras infecciones se vuelven más fácilmente transmitidas. No existe el sexo seguro sino sexo con protección.
Hay disponibles algunas vacunas para proteger contra algunas ETS virales, tales como la hepatitis B y algunos tipos de VPH. Es aconsejada la vacunación antes de la iniciación del contacto sexual para asegurar la máxima protección.
El sistema inmunitario innato, que lleva las defensas contra el VIH, puede prevenir la transmisión del VIH cuando las cuentas virales son muy bajas, pero si está ocupado con otros virus o abrumado, el VIH puede establecerse. Ciertas ETS virales también aumentan grandemente el riesgo de muerte para los pacientes infectados con VIH.
Alrededor de un 15% de los contagios se producen por causas desconocidas, diferentes al contacto sexual.[cita requerida] Es decir un 7% de contagios se producen en lugares públicos, aseos, saunas, piscinas, paritorios, etc. El 8% restante se contagia a través de otras partes no sexuales del cuerpo, manos, pies, piel. Estos contagios son especialmente peligrosos en el caso de sífilis ya que al no tener conciencia del contagio, la enfemedad avanza a estados severos. En el caso del VIH los contagios por causas desconocidas disminuyen al 2%. Los integristas achacan este 2% al uso del condón. Estudios más rigurosos lo achacan a errores de clasificación, a mutaciones genéticas, a errores de diagnóstico o a tos con esprutos sanguíneos. En porcentaje poblacional estos contagios serían de 1 por cada 1.000.000 habitantes.[cita requerida]
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